源文件查重是指通过比对两个或多个文件的内容，判断它们之间的相似度和重复率。通常用于检测学术论文、代码等文本的原创性。而知网查重原理则是基于知网这一资源库，通过比对文本与知网中的数据，判断其是否存在抄袭或引用行为。两者的区别在于，源文件查重更侧重于文本内容本身的比对，而知网查重则更倾向于利用知网这一权威数据库进行查重。

此外，源文件查重通常需要上传待检测的文件，通过系统自动比对得出结果；而知网查重则是将文本数据与知网进行在线比对，实时反馈结果。在使用上，源文件查重更灵活，适用于各类文本的查重需求；而知网查重则更专注于学术领域，确保文献引用的准确性和合规性。因此，根据具体需求和场景的不同，选择合适的查重方式至关重要。